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便宜而準確的基因SNP分型方法一直是研究者不斷追求的技術。KASP檢測法,可以用2個熒光探針、2個通用猝滅探針,再加多個位點特異探針來檢則多個SNP位點,大幅降低了SNP的檢測成本,提高了檢測通量。

KASP技術的優點

只要合成兩個通用熒光探針,兩個通用淬滅探針,再加合成多個針對具體位點的SNP PCR引物,就可以測許多位點。
因為熒光探針、和淬滅探針都很貴,KASP方法相比于Taqman方法,可以通過通用熒光探針來代替針對位點的熒光探針,大大節約成本。

原理說明

第1步:

設計2個SNP PCR引物,各對應于一個SNP的等位基因
設計熒光探針:F探針與Allele 1標簽序列一致;H探針與Allele 2標簽序列一致;F探針的5‘端有一個FAM熒光基團;H探針的5’端有一個HEX熒光基團;相應于F探針
和H探針,各設計一個3'端帶淬滅基團的淬滅探針

 

 

 

第2步:

第1輪PCR,模板會與可互補的(3'末端能配對的)PCR引物進行退火,并發生擴增。

這步完成SNP識別

 

 

第3步:

第2輪PCR擴增,擴增出帶有標簽序列的PCR產物

這步完成把通用標簽序列引入與SNP對應的PCR產物

 

 

第4步:

經過幾輪的PCR擴增,一方面淬滅探針被切碎,另一方面熒光探針更多地退火到新合成的、沒有淬滅基團的互補鏈上,發出熒光

通過檢測熒光,檢出SNP位點上是哪個堿基

 

 

第5步:

通過自動化數據分析,得出SNP的分型結果

 

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